Diante da perda secular de áreas de manguezal, exploradas sob os mais variados aspectos, a baía atualmente agoniza, vítima da poluição dos esgotos domiciliares e industriais, além dos derrames de óleo e da crescente presença de metais pesados em suas águas. À época do Descobrimento, estima-se que essas áreas cobriam 300 km²; dados da Prefeitura Municipal do Rio de Janeiro, em 1997, indicavam que elas se encontravam reduzidas a apenas cerca de 60 km².
Embora as águas da baía se renovem em contato com as do mar, ela é a receptora final de todos os efluentes líquidos gerados nas suas margens e nas bacias dos 55 rios e riachos que a alimentam. Entre as fontes potenciais de poluição contam-se 14.000 estabelecimentos industriais, quatorze terminais marítimos de carga e descarga de produtos oleosos, dois portos comerciais, diversos estaleiros, duas refinarias de petróleo, mais de mil postos de combustíveis e uma intrincada rede de transporte de matérias-primas, combustíveis e produtos industrializados permeando zonas urbanas altamente congestionadas.
A bacia que drena para a Baía de Guanabara tem uma superfície de 4.000 km², integrada pelos municípios de Duque de Caxias, São João de Meriti, Belford Roxo, Nilópolis, São Gonçalo, Magé, Guapimirim, Itaboraí, Tanguá e partes dos municípios do Rio de Janeiro, Niterói, Nova Iguaçu, Cachoeiras de Macacu, Rio Bonito e Petrópolis, a maioria localizada na Região Metropolitana do Rio de Janeiro. Esta região abriga cerca de dez milhões de habitantes, o equivalente a 80% da população do estado do Rio de Janeiro e apresentou, no período 1980-1991, a maior taxa de crescimento do País. Mais de 2/3 dessa população, 7,6 milhões de habitantes, habitam na bacia da Baía de Guanabara.
A partir da década de 1990 vem sendo objeto de um dos maiores projetos de recuperação ambiental, com verbas do BIRD e do Governo do Japão, cujas obras, atualmente, encontram-se paralisadas.
Causas da degradação ambiental
Aterros e assoreamento
Alguns trechos de suas margens foram aterrados para a construção de cais e de vias públicas, como o Aterro do Flamengo, a Avenida Brasil, a Linha Vermelha, a Rodovia Niterói-Manilha, entre outros.
Destruição de manguezais
Dos 260 km² originalmente cobertos por manguezais no entorno da baía, restam hoje apenas 82 km². A destruição desta formação vegetal causa a redução da capacidade de reprodução de diversas espécies de vida aquática e intensifica o processo de assoreamento que, ao longo do tempo, resulta na progressiva redução de profundidade da Baía.
Poluição industrial
Cerca de 400 indústrias, do total de 14.000, são responsáveis pelo lançamento de quantidades expressivas de poluentes na Baía de Guanabara e nos rios da sua bacia.
Uma estimativa da carga diária de poluentes despejada na baía, considera:
* 400 toneladas de esgoto doméstico
* 64 toneladas de resíduos orgânicos industriais
* 7 toneladas de óleo
* 300 quilos de metais pesados
Acidentes ambientais
Somam-se, ainda, os acidentes ambientais como vazamentos de óleo, que ocorrem com certa frequência nas refinarias, portos comerciais, estaleiros e postos de combustíveis. Como exemplo, ocorreu em janeiro de 2000 um vazamento de 1,3 milhão de litros de óleo na Baía de Guanabara, causando grandes danos aos manguezais, praias e à população de pescadores, ou em março de 2006, diante de uma mortandade de peixes e óleo invadindo a praia de Ramos, os moradores da região acusando o Aeroporto Internacional Antônio Carlos Jobim por lavar os aviões e deixar óleo escoar para as águas da baía. Mas o maior vazamento registrado ocorreu em março de 1975 por ocasião do acidente de navegação protagonizado pelo N/T Tarik Ibn Zyiad, quando 6 milhões de litros de óleo contaminaram as águas da baía.
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